Dieses Buch handelt von der reproduzierbaren Trennung und Detektion von potentiellen Proteinmarkern. Dazu wurde ein optimiertes Standardprotokoll für die 2D-Gelelektrophorese für das Proteom der Mitteldarmdrüse (Hepatopankreas) aus der Miesmuschel (Mytilus edulis) erarbeitet. In der zweiten Dimension der 2D-GE wurde die Aussagekraft unterschiedlicher Gelgrößen und Trennbereiche getestet. Versuche zur OFFGEL-Fokussierung wurden durchgeführt, um in Erfahrung zu bringen, ob diese eine Alternative zur Gel-basierten Isoelektrischen Fokussierung sein kann. Mit dem optimierten Standardprotokoll für die 2DGE wurden die Proteinexpressionsmuster von drei verschiedenen Miesmuschelproben verglichen. Die Proteinspots wurden mittels MALDI-TOF- MS/MS untersucht.