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La culture est la méthode de référence pour la détection des légionelles dans des échantillons d'eau. Mais devant les inconvénients qu'elle présente sa lenteur, son incapacité à détecter les bactéries viables mais non cultivables et son manque de sélectivité sur des échantillons dont la flore annexe est importante des méthodes complémentaires ou alternatives sont recherchées. L'hybridation in situ fluorescente, examinée lors de ce travail, est une technique intéressante : elle est rapide, spécifique, et serait capable de mettre en évidence les bactéries viables mais non cultivables sans détecter les bactéries mortes. Cependant, sa sensibilité doit être améliorée pour permettre une utilisation sur des échantillons faiblement contaminés en légionelles, et une étape de lecture automatisée pour faciliter les dénombrements microscopiques.