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Les workflows inter-organisationnels sont soumis à des contraintes particulières : leur nature distribuée exclut toute gestion centralisée, pour des raisons de confidentialité et d'échelle. Nous développons une méthodologie multi-agents, pour l'ordonnancement distribué dynamique de tâches assujetties à des contraintes temporelles et de ressources. L'algorithme d'ordonnancement est basé sur un calcul dynamique de la priorité des tâches. La confidentialité est respectée, en limitant les informations échangées à des valeurs probabilistes. L'architecture s'appuie sur la mobilité d'agents chargés de l'exécution des tâches et sur la gestion réactive des ressources, où des perturbations sont absorbées implicitement. Nous définissons le protocole de négociation entre les agents et deux heuristiques pour l'allocation et l'ordonnancement de tâches.