Os mecanismos de mistura da água doce e oceânica contribuem para a variabilidade das condições físicas, químicas e biológicas de um estuário. Os organismos que vivem nestes ecossistemas estão adaptados a estas condições ambientais específicas, constituindo comunidades que são consideradas como das mais produtivas da biosfera. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar a estrutura e composição da comunidade fitoplanctônica no ecossistema estuarino do rio Maraú - Baía de Camamu (BA) e suas relações com os parâmetros ambientais.