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La réalisation d'un procédé de fermentation doit dépendre de certains problèmes. Ainsi, les conditions de culture (Température, pH, Oxygènes dissous, agitation) et les besoins nutritionnels en substrats (carbonés, azotés, sels et éléments de croissance) doivent être bien maîtrisés.Le choix de mode de conduite ( batch , fed batch et continue ) dépend de l'objectifs du processus fermentatif tel que la production de biomasse ou la production de métabolites.