En la región sur de la Corriente de California se presentan una variedad de estructuras de mesoescala como surgencias, frentes, meandros y remolinos que cambian a lo largo del año e influyen en la distribución de la biomasa fitoplanctónica así como en la producción primaria. Se indentificaron tres regiones importantes: una zona de surgencia costera, el Frente Ensenada al norte del área, y zonas de meandros y remolinos hacia el oeste y suroeste de Punta Eugenia. La producción primaria reflejó los mecanismos de fertilización principalmente en las zonas de surgencia y del Frente Ensenada, primordialmente en abril de 2000. La producción primaria en la capa de mezcla no se generó al mismo tiempo en las regiones de surgencias costeras de Punta Baja y Punta San Hipólito. Esta diferencia podría deberse a que a lo largo de la costa de Baja California la intensidad de las surgencias cambia de acuerdo a las condiciones locales, lo que genera que el florecimiento del fitoplancton se realice en diferente tiempo.