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La réponse de la plante dépend de l approvisionnement en oxygène de la solution nutritive, de la température perçue tant niveau des parties aériennes qu au niveau racinaire et de la lumière de l environnement. La présence d'une microflore dans la solution nutritive provoque une dégradation des molécules d intérêt et altère leur accumulation dans la plante. Par contre, Agrobacterium rhizogenes a un effet favorable sur la croissance et la biosynthèse de métabolites secondaires dans la plante. L état transgénique des racines, issues de co-culture hydroponique de Datura innoxia avec Agrobacterium rhizogenes TR7, a été mis en évidence par des tests précoces puis, confirmé par des analyses moléculaires. Nous avons montré des modifications du phénotype racinaire induites par l'interaction plante-microorganisme. L inoculation des agrobactéries peut donner lieu à des transferts naturels de gènes induisant ainsi l obtention d un pool racinaire chimérique regroupant des racines normales et des racines transformées, à obtenir une biomasse riche en molécules recherchées.