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Les infections nosocomiales ont un impact majeur de santé publique. La prévalence de ces infections, principalement d'origines bactériennes, varie de 7% à 15% selon les pays, les unités de soins intensifs étant les services les plus touchés. Le développement des infections nosocomiales s'accompagne de morbi-mortalités importantes ainsi que des surcoûts hospitaliers estimés à 7 milliards d'euros par an en Europe. Ces infections seraient pourtant évitables dans 20% des cas. Les morbi-mortalités importantes sont en partie associées au temps nécessaire à l'examen microbiologique. En effet, les méthodes conventionnelles d'identification de pathogènes et de résistances aux antibiotiques sont longues et laborieuses, le résultat étant obtenu plus de 2 à 5 jours après le prélèvement. Des techniques de diagnostic rapide existent, permettant de réduire ce délai à moins de 24h. Sont décrites dans cette thèse la PCR en temps réel, la technique de FISH, la spectrométrie de masse MALDI-TOF et finalement la PCR-ESI. Ces techniques présentent de nombreux avantages pour l'identification de pathogènes, mais doivent être améliorées afin de détecter un panel plus large de résistances aux antibiotiques.