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Band 1269 - 13%

RNA Bioinformatics

Aus der Reihe Methods in Molecular Biology Band 1269
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138,99 € UVP 160,49 €

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Beschreibung

Details

Einband

Gebundene Ausgabe

Erscheinungsdatum

11.01.2015

Abbildungen

XII, 102 illus., 73 illus. in color., farbige Illustrationen, schwarz-weiss Illustrationen

Herausgeber

Ernesto Picardi

Verlag

Springer Us

Seitenzahl

415

Maße (L/B/H)

26/18,3/2,9 cm

Gewicht

10403 g

Auflage

2015

Sprache

Englisch

ISBN

978-1-4939-2290-1

Beschreibung

Rezension

“This text is a timely book that overviews the state of art of methodological approaches for the analysis of RNA data … . the authors often provide sufficient description of the fields and state of the art, combined with numerous references. The major advantage of the book is that it encompasses elements that attract both bioinformaticians seeking an applicability of their proposed methods and biologists seeking for answers to particular biological questions.” (Irina Ioana Mohorianu, zbMATH 1318.92003, 2015)

Portrait

Ernesto Picardi Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare E. Quagliariello, Università di Bari, Bari, Italy e.picardi@biologia.uniba.it

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Erscheinungsdatum

11.01.2015

Abbildungen

XII, 102 illus., 73 illus. in color., farbige Illustrationen, schwarz-weiss Illustrationen

Herausgeber

Ernesto Picardi

Verlag

Springer Us

Seitenzahl

415

Maße (L/B/H)

26/18,3/2,9 cm

Gewicht

10403 g

Auflage

2015

Sprache

Englisch

ISBN

978-1-4939-2290-1

Herstelleradresse

Libri GmbH
Europaallee 1
36244 Bad Hersfeld
DE

Email: gpsr@libri.de

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  • Produktbild: RNA Bioinformatics
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  • Part I – RNA Secondary and Tertiary Structures

    1. Free Energy Minimization to Predict RNA Secondary Structures and Computational RNA Design

    Alexander Churkin, Lina Weinbrand, and Danny Barash

    2. RNA Secondary Structure Prediction from Multi-aligned Sequences

    Michiaki Hamada

    3. A Simple Protocol for the Inference of RNA Global Pairwise Alignments

    Eugenio Mattei, Manuela Helmer Citterich, and Fabrizio Ferrè

    4. De Novo Secondary Structure Motif Discovery Using RNAProfile

    Federico Zambelli and Giulio Pavesi

    5. Drawing and Editing the Secondary Structure(s) of RNA

    Yann Ponty and Fabrice Leclerc

    6. Modeling and Predicting RNA Three-dimensional Structures

    Jérôme Waldispühl and Vladimir Reinharz

    7. Fast Prediction of RNA-RNA Interaction Using Heuristic Algorithm

    Soheila Montaseri

    Part II – Analysis of high-throughput RNA sequencing data

    8. Quality Control of RNA-Seq Experiments

    Xing Li, Asha Nair, Shengqin Wang, and Liguo Wang

    9. Accurate Mapping of RNA-seq data

    Kin Fai Au

    10. Quantifying Entire Transcriptomes by Aligned RNA-Seq Data

    Raffaele A. Calogero and Francesca Zolezzi

    11. Transcriptome Assembly and Alternative Splicing Analysis

    Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Graziano Pesole, Ernesto Picardi, Yuri Pirola, and Raffaella Rizzi

    12. Detection of Post-transcriptional RNA Editing Events

    Ernesto Picardi, Anna Maria D’Erchia, Angela Gallo, and Graziano Pesole

    13. Prediction of miRNA Targets

    Anastasis Oulas, Nestoras Karathanasis, Annita Louloupi, Georgios A. Pavlopoulos, Panayiota Poirazi, Kriton Kalantidis, and Ioannis Iliopoulos

    14. Using Deep Sequencing Data for Identification of Editing Sites in Mature miRNAs

    Shahar Alon and Eli Eisenberg

    15. NGS-Trex: An Automatic Analysis Workflow for RNA-Seq Data

    Ilenia Boria, Lara Boatti, Igor Saggese, and Flavio Mignone

    16. e-DNA Meta-barcoding: From NGS Raw Data to Taxonomic Profiling

    Fosso Bruno, Marzano Marinella, and Monica Santamaria

    17. Deciphering Metatranscriptomic Data

    E. Kopylova, L. Noé, C. Da Silva, J.F. Berthelot, A. Alberti, J.M. Aury, and H. Touzet

    18. RIP-Seq Data Analysis to Determine RNA-protein Associations

    Federico Zambelli and Giulio Pavesi

    Part III – Web resources for RNA data analysis

    19. The ViennaRNA Web Services

    Andreas R. Gruber, Stephan H. Bernhart, and Ronny Lorenz

    20. Exploring the RNA Editing Potential of RNA-Seq Data by ExpEdit

    Mattia D’Antonio, Ernesto Picardi, Tiziana Castrignanò, Anna Maria D’Erchia, and Graziano Pesole

    21. A Guideline for the Annotation of UTR Regulatory Elements in the UTRsite Collection

    Matteo Giulietti, Giorgio Grillo, Sabino Liuni, and Graziano Pesole

    22. Rfam: Annotating Families of Non-coding RNA Sequences

    Jennifer Daub, Ruth Y. Eberhardt, John G. Tate, and Sarah W. Burge

    23. ASPicDB: A Database Web Tool for A

    lternative Splicing Analysis

    Mattia D’Antonio, Tiziana Castrignanò, Matteo Pallocca, Anna Maria D’Erchia, Ernesto Picardi, and Graziano Pesole

    24. Analysis of Alternative Splicing Events in Custom Gene Datasets by AStalavista

    Sylvain Foissac and Michael Sammeth

    25. Computational Design of Artificial RNA Molecules For Gene Regulation

    Alessandro Lagana’, Dario Veneziano, Francesco Russo, Alfredo Pulvirenti, Rosalba Giugno, Carlo Maria Croce, and Alfredo Ferro