O alinhamento sequencial é útil para descobrir informação funcional, estrutural e evolutiva em sequências biológicas. É importante obter o melhor alinhamento possível ou o chamado alinhamento óptimo para descobrir esta informação. Além disso, se duas sequências de organismos diferentes forem semelhantes, podem ter sido uma sequência ancestral comum e as sequências são definidas como sendo homólogas. Uma vez encontrada a MSA, o nº de tipos de alterações na sequência alinhada de resíduos pode ser utilizado para uma análise filogenética.